环保专包二级资质续期申请办理流程通常包括以下几个步骤：

一、前期准备
1. 了解政策与要求
企业需通过官方网站、政策文件等途径，详细了解国家和地方环保部门、住房和城乡建设部门等发布的关于环保工程专业承包二级资质续期的最新政策和具体要求。特别关注延期申请的时间节点、所需材料清单及审核标准。
2. 准备申请材料
准备齐全、真实有效的申请材料，包括但不限于：
企业营业执照副本及复印件
法定代表人身份证明及复印件
资质证书正、副本原件
安全生产许可证（如适用）
技术人员（如注册环保工程师、建造师等）的资格证书及社保证明
企业近几年的财务报表、工程业绩记录等
延期申请表（需填写完整并加盖单位公章或个人签名）
其他根据具体要求可能需要提供的证明文件（如企业业绩证明、纳税证明等）
二、提交申请
企业将准备好的申请材料和填写完整的延期申请表提交给当地住房和城乡建设厅或指定的环保主管部门。
提交方式可以是网上申报系统提交电子版材料，并同步报送纸质材料，或者按照主管部门的要求进行提交。
注意递交方式和时间要求，确保材料能够按时到达并受理。
三、缴纳费用
根据主管部门的要求，缴纳二级环保专业承包资质延续的相关费用，包括申请费、证书工本费等。
四、审核与批准
1. 材料审核
主管部门会对企业提交的延续申请材料进行详细审核，包括对企业的资质条件、技术人员配置、工程业绩、财务状况等进行综合评估。
2. 现场核查（如有）
根据审核情况，主管部门可能会组织现场核查，以进一步了解企业的实际运营情况和项目执行能力。企业应积极配合核查工作，提供必要的协助和支持。
3. 审批决定
经过审核和核查后，主管部门会作出是否批准延续资质的决定。如申请获得批准，主管部门会通知企业领取新的二级环保专业承包资质证书；如申请未获批准，主管部门会告知企业未获批准的原因及后续处理办法。
五、领取新证
企业按照主管部门的通知要求，携带相关证件和证明文件到指定地点领取新的资质证书。新证书的有效期通常与原证书相同，但也可能根据当地政策有所调整。
注意事项
企业应提前规划好延续手续办理的时间，确保在原资质到期前完成相关申请和审核程序。
企业应确保提交的申请材料真实有效，避免因材料不全或虚假而导致申请被退回或延误。
企业应持续保持合规经营，严格遵守相关法律法规和规定，确保自身的技术实力和管理水平符合二级环保专业承包资质的要求。
以上流程仅供参考，具体流程和要求可能因地区和政策变化而有所不同。因此，在办理延续手续前，建议企业先向当地主管部门进行详细咨询和确认。